预算执行审计是国家对财政资金有效监督所采取的方法，作为审计机关，在预算执行审计任务愈来愈繁重的情况下，加强对部门预算执行审计的监督，保证预算执行审计的严肃性，提高财政资金的效益，保证国家大政方针的实施和宏观经济目标的实现，才能更好的发挥审计监督作用。笔者认为基层审计机关做好预算执行审计，可以从以下几个方面入手：
一是坚持全面审计，在摸清家底的同时突出重点。搞好预算执行审计工作的基础，是全面掌握部门的财政财务状况、资金收支渠道以及财政财务相关的业务活动的情况。在摸清家底的同时，以预算法、会计法、相关资金文件等为依据，选准重点资金和重点内容。
二是从内控制度入手。从被审计单位的内控制度入手，了解单位内控制度是否健全，执行是否有效，如决策者和执行中是否分离，款项的拨付是否有严格的审批制度，通过内控制度的调查，从而确定被审计单位容易出现问题的环节，这样有利于突出审计重点，减少盲目性。
三是以预算执行为主线。抓住被审计单位预算资金的分配和使用，沿着资金运动轨迹，一查到底，直到搞清楚资金的最终去向为止。对在审计中发现的一级预算单位将资金拨付给二级预算单位时，要追查资金去向，选择重点资金，到二级单位延伸调查，通过上下结合，查清查透问题。
四是发挥审计建设性作用。在审计中，不但要指出被审计单位存在的问题，而且要提出改进的建议和措施，促进被审计单位加强内控制度建设，规范单位内部管理，提高财政资金使用效益。同时，要加强被审计单位落实审计决定和采纳审计建议情况的监督检查，促进审计成果转化。
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