“截留挪用”“闲置浪费”，一直是专项资金管理中的“顽疾”，每年的审计项目只要涉及专项资金，上述问题基本都会存在。存在的原因，一是单位对专项资金概念不清，误以为专项资金是政府的补贴，没有引起足够的重视，而与自有资金混合使用，不单独进行核算，甚至一些单位直接作为日常经费支出。二是企业对申报项目实施规模、目标计划、配套资金到位情况估计不足，盲目申请，资金到位后由于上述原因限制项目无法实施。三是享有资金分配权的部门为自身二级单位争取“利益”，以各种项目名义争取财政资金，部分资金被单位用于支付人员工资，部分资金由于申报项目没有充分的前期调研、论证和项目本身缺乏可行性而一直搁置，资金长期沉淀在单位。
       为此建议专项资金使用单位，在申报项目时应严格按照专项资金申报标准衡量自身实际情况，据实进行项目申报。取得专项资金后，在实施过程中应对照项目计划要求认真执行，如遇特殊情况需要对项目进行调整时，应及时上报上级主管部门。主管部门对单位申报项目，应利用多种方式核实企业实际运营情况，认真研究企业申报项目的可行性。在资金拨付到位后应及时跟进监管，严格按照单位申报计划进度进行跟踪核实，了解企业配套资金投入情况衡量资金使用效益，及时发现企业在专项资金使用中存在的问题。一旦发现问题，应立即终止专项资金的使用并及时收回，并追究相关人员责任。实现从项目立项、申报、审批、发放直至项目终结全流程监管，保证专项资金使用效益。主管部门也可以探索建立“企业信用台账”，针对企业申领、使用专项资金的情况以及资金使用效益情况进行详细记录，起到对失信企业单位惩戒、警示作用，进一步鼓励和扶持拥有良好信誉的优质企业更好更快发展。
       对于上述屡查屡犯的问题，监察部门应加大惩处力度，对违反规定使用、闲置专项资金的单位和个人应追究责任，同时在确保资金安全收回的前提下，应对企业的失信行为进行惩处。针对专项资金监管不到位的部门，也应追究相关人员责任。